Von Chromosomenabweichungen (auch Chromosomenstörungen oder -anomalien) spricht man bei überzähligen und fehlenden Chromosomen oder Chromosomenteilen.
Solche Abweichungen können bei der Verschmelzung von Ei- und Samenzelle entstehen. Da Chromosome wichtige Erbinformationen transportieren, können Abweichungen von der normalen Chromosomenstruktur beim Kind verschiedene Entwicklungsstörungen zur Folge haben.
Eine bekannte Form der Chromosomenabweichung ist die Trisomie 21 (Down-Syndrom), bei der das Chromosom 21 dreimal statt zweimal vorhanden ist.